• Науково-дослідний відділ автоматизованих інформаційних систем

• Науково-дослідний відділ проблем моделювання та надійності людино-машинних систем

• Науково-дослідний відділ автоматизованих систем програмно-цільового управління

• Науково-дослідний відділ програмних засобів автоматизації наукових досліджень

• Відділ теорії комп’ютерних обчислень